全球约1%的人不能消化麸质蛋白，这些人有麸质蛋白不适应症，最常见的病症是乳糜泻。
患有这种疾病的人食用含有麸质蛋白的食物时，他们的免疫系统就会通过损害小肠来做出反应，特别是对小肠内层的茸毛的破坏。
乳糜泻被认为是自身免疫功能紊乱，也可以看作是一种吸收障碍性疾病，临床表现：如腹泻、腹痛、体重减轻、倦怠乏力等症状和体征。
现有技术中，并没有很好的方法能够缓解乳糜泻的症状，患者必须严格遵循无麸质饮食，终生避免或严格控制含麸质食品的摄入。
麸质性肠病是遗传性疾病，对麦胶蛋白（小麦、大麦、燕麦中的蛋白质）不能耐受，引起小肠黏膜特征性改变，导致消化吸收不良综合征。
其他疾病如淋巴细胞性结肠炎、唐氏综合症、 1型 糖尿病,和 自身免疫性（桥本）甲状腺炎，均有发生麸质性肠病的风险。
桥本甲状腺炎的人群由于自身免疫系统的异常反应，可能会对某些食物，尤其是含有麸质的食物产生不良反应，因此他们也常常与馒头、面条这样的快乐碳水无缘，就连醋、酱油这样微麸质含量的调料也要特别注意。
另外，部分罕见病患者有可能也需要减少麸质摄入。
